بررسی امکان کلونینگ قطعه آنتی ژنیک پیش گویی شده توسط نرم افزارهای بیوانفورماتیکی آنزیم هیالورونیداز استرپتوکوکوس پایوژن

.Investigating the possibility of recombination the predicted antigenic fragment of Streptococcus Pyogen hyaluronidase by bioinformatics softwares


چاپ صفحه
پژوهان
صفحه نخست سامانه
چکیده مقاله
چکیده مقاله
نویسندگان
نویسندگان
دانلود مقاله
دانلود مقاله
علوم پزشکی اراک
علوم پزشکی اراک

نویسندگان: حمید ابطحی , علیرضا ژاپونی نژاد , شبنم صدوق عباسیان

کلمات کلیدی:

نشریه: کومش, 1,17,77 - 84,2015

اطلاعات کلی مقاله
hide/show

کد مقاله 3121
عنوان فارسی مقاله بررسی امکان کلونینگ قطعه آنتی ژنیک پیش گویی شده توسط نرم افزارهای بیوانفورماتیکی آنزیم هیالورونیداز استرپتوکوکوس پایوژن
عنوان لاتین مقاله .Investigating the possibility of recombination the predicted antigenic fragment of Streptococcus Pyogen hyaluronidase by bioinformatics softwares
نوع مقاله بر حسب نگارش پژوهشی اصیل
مقاله برحسب نمایه scopus
IF 0.0
عنوان نشریه کومش
نوع نشریه علمی پژوهشی
شماره نشریه 1
دوره 17
صفحه شروع و پایان در نشریه 77 - 84
سال انتشار/ ارائه شمسی 1394
سال انتشار/ارائه میلادی 2015
آدرس لینک مقاله/ همایش در شبکه اینترنت http://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-84942425565&origin=resultslist&sort=plf-f&src=s&st1=Investigating+the+possib
ISSN 1608-7046
DOI
آدرس علمی (Affiliation) نویسنده متقاضی Molecular and Medicine Research Center, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran

چکیده مقاله
hide/show

عنوان متن
چکیده انگلیسیInvestigating the possibility of recombination the predicted antigenic fragment of Streptococcus Pyogen hyaluronidase by bioinformatics softwares Author(s): Safieh Soufian, Shabnam Sadoogh Abbasian, Ali Reza Japoni Nejad , Hamid Abtahi Abstract: Introduction: One of the main difficulties facing the production of recombinan Streptococcus pyrogenesisa hyaluronidase enzyme is its high molecular weight. The aim of this study was to predict the antigenic regions of hyaluronidase protein, the structure of fragment and evaluating the possibility of cloning the fragment in pTZ57R/T vector by the aid of bioinformatic’s software. Materials and Methods: Multiple hyaluronidase amino acid sequences were aligned, using Clustal W method and MegAlign software, followed by BLASTP analysis. Antigenic regions and important epitopes in consensus sequences were determined by using online softwares ABCpred, BcePred and Emboss. The tertiary structure of determined antigenic regions was predicted by using TASERI and specified model was evaluated by using Swiss-PDB Viewer Software. Finally, intended fragment was inserted in pTZ57R/T vector. Results: The consensus sequence had 868 amino acids, which the residues 279 to 773 were selected as prominent antigenic region in order to shorten the sequence by using online software. Finally, the result was shown as the proper recombination of antigenic region of hyaluronidase gene with pTZ57R/T. Conclusion: The utilization of bio informatics tools to predict or determine the prominent antigenepitopic fragments, facilitated the recombinant process due to using the shorter fragments and generating more effective and specific immune response by the enzyme protein Keywords: Hyaluronidase enzyme, Antigenic regions, Cloning,
چکیدهبررسی امکان کلونینگ قطعه آنتی‌ژنیک پیش‌گویی شده توسط نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی آنزیم هیالورونیداز استرپتوکوکوس پایوژن نویسندگان: صفیه صوفیان، شبنم صدوق‌عباسیان، علی‌رضا ژاپونی‌نژاد ، حمید ابطحی چکیده: سابقه و هدف: از مشکلات جدی در تولید آنزیم هیالورونیداز استرپتوکوکوس پایوژنز به صورت نوترکیب، وزن مولکولی بالای این پروتئین می‌باشد. هدف از انجام این مطالعه استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی جهت پیش‌بینی نواحی با بیش‌ترین خاصیت آنتی‌ژنیک در پروتئین هیالورونیداز، پیش‌گویی ساختار قطعه مورد نظر و ارزیابی کلونینگ آن در وکتور pTZ57R/T می‌باشد. مواد و روشها: ابتدا جهت به‌دست آوردن توالی مورد توافق در تمامی توالی‌های آمینو اسیدی آنزیم هیالورونیداز، هم‌ترازی چند‌گانه با استفاده از نرم‌افزار MegAlign و روش Clustal W صورت پذیرفت. آنالیزBlASP صورت پذیرفت. نواحی آنتی‌ژنیک با استفاده از نرم‌افزارهای آنلاین ABCpred، BcePred و Emboss تعیین گردید. ساختمان سه بعدی نواحی آنتی‌ژنیک تعیین شده، با استفاده از نرم‌افزار TASERI پیش‌گویی شد و با استفاده از نرم‌افزار Swiss-PDB Viewer بررسی گردید. در نهایت قطعه پیش‌بینی شده در وکتور pTZ57R/T وارد گردید. یافتهها: توالی مورد توافق به‌دست آمده دارای 868 آمینو اسید بود که توالی امینو اسیدی 279 تا 773 به عنوان منطقه با آنتی‌ژنیک بالا به منظور کوتاه کردن توالی با استفاده از نرم‌افزارهای آنلاین انتخاب شد. در نهایت نتایج نشان داد که بخش‌های آنتی‌ژنیک ژن هیالورونیداز در وکتور pTZ57R/T کلون شده است. نتیجهگیری: توالی مورد توافق به‌دست آمده دارای 868 آمینو اسید بود که توالی امینو اسیدی 279 تا 773 به عنوان منطقه با آنتی‌ژنیک بالا به منظور کوتاه کردن توالی با استفاده از نرم‌افزارهای آنلاین انتخاب شد. در نهایت نتایج نشان داد که بخش‌های آنتی‌ژنیک ژن هیالورونیداز در وکتور pTZ57R/T کلون شده است واژه‌های کلیدی: آنزیم هیالورونیداز، نواحی آنتی‌ژنیک، کلونینگ،
کلمات کلیدی
نام فایل عنوان پیوست تاریخ درج فایل اندازه فایل دانلود
3121.pdfچکیده فارسی1395/02/2445135دانلود
3121..pdfچکیده لاتین1395/02/2443416دانلود

نویسندگان
hide/show

نویسنده نفر چندم مقاله
حمید ابطحیچهارم و مسئول
علیرضا ژاپونی نژادسوم
شبنم صدوق عباسیاناول

لینک دانلود مقاله
hide/show

نام فایل عنوان پیوست تاریخ درج فایل اندازه فایل دانلود